八重樫研究室ではDNA情報を利用した水生生物（特に河川の水生昆虫）の調査を行っています。人の生活は環境を改変し、その影響が水生生物に現れてきます。この影響を調べるための生物調査では、実際に専門の人が水域へ赴き、生物採集をし、1匹ずつ細かい部分を顕微鏡で確認して、生物種名を調べています。この作業は非常に大変で労力を要します。そこで八重樫研究室では、同種であればDNAが似ている部分もあるという特性を利用して、そこに生息する生物の多様性をDNA情報から調べる研究をしています。

　
1. DNAバーコーディングを利用した水生生物の種多様性評価
私たちが買い物をするとき、商品についたバーコードを読み込んで、商品の情報リストから値段を調べます。この方法と同じように、水の中に生物が放出した水中の環境DNAや生物の生体から取り出したDNAの塩基配列を解読し、その配列を国際的なDNAデータベースで調べることで、DNAの由来となった生物の名前を調べます。八重樫研究室ではこの手法に関する研究を行なっています。

2. 種内の遺伝的多様性に基づく流域内の水生生物の移動性の解析
同じ種であっても少しずつDNAが異なります。生物の積極的な移動が行われている集団間では遺伝的に類似し、移動が阻害されている集団間では遺伝的に異なります。この特性を利用して、河川横断構造物や環境改変が生物の移動に与える影響を評価しています。